m6A單堿基位點PCR(MazF酶切法)技術服務

  • 簡介
  • 服務特點
  • 樣本要求
  • 結果展示
  • 當前的研究發現,很大一部分m6A修飾發生在含有核心ACA序列的保守motif區域,通常稱為是m6ACA位點。2022世界杯竞猜app下载生物丨數譜生物提供RNA潛在m6ACA位點進行檢測或驗證的技術服務——m6A單堿基位點PCRMazF酶切法)。


    RNA內切酶MazF識別RNA單鏈並在非甲基化的ACA位點的5’端進行切割,而不能切割甲基化的m6ACA位點(1)

      

    1. MazF可以在非甲基化ACA位點切割,而無法在甲基化m6ACA位點發揮作用


    將抽提的總RNA樣本分為兩份,一份不加MazF處理,另一份加MazF處理後。然後通過實時定量PCR技術進行檢測2)。最後經過數據分析處理得到檢測的樣品中特定ACA位點的m6A甲基化水平。

      

    2. m6ACA位點PCR檢測MazF酶切法)實驗原理


    mRNA&lncRNA m6ACA位點檢測:RNA m6ACA位點預測→total RNA提取&質檢一份MazF酶處理,一份不加MazF酶處理反轉錄成cDNA→目標m6ACA位點PCR檢測

    CircRNA m6ACA位點檢測:RNA m6ACA位點預測→total RNA提取&質檢→RNase R消化線性RNA,保留circRNA→ 一份MazF酶處理,一份不加MazF酶處理反轉錄成cDNA→目標m6ACA位點PCR檢測

  • 對m6A單位點的相對定量檢測
    對m6A位點高度敏感的核糖核酸內切酶MazF
    通過嚴格測試的特異性引物

  • 樣本類型:新鮮組織、細胞或total RNA
    樣 本 量
         mRNA&lncRNA m6ACA位點檢測::≥2μg total RNA或者能獲得相應份量的組織細胞,最低濃度不低於50ng/μl。
         CircRNA m6ACA位點檢測:≥10μg total RNA或者能獲得相應份量的組織細胞,最低濃度不低於50ng/μl。
    樣品質量:A260/A280為1.9~2.2;無基因組DNA汙染;RNA無降解。
    樣本運輸:RNA樣品使用RNAase-Free離心管保存,封口膜封口後幹冰運輸;組織細胞樣品RNAase-Free凍存管保存,幹冰或液氮運輸。

  • m6ACA位點PCRMazF酶切法)可對單個m6ACA修飾位點進行檢測(以下為示例展示)


     

    sample

    MazF-(Ct)

    MazF+ (Ct)

    Methylation ratio %

    1

    22.970

    23.354

    76.611

    2

    22.968

    23.854

    54.101

    3

    22.980

    24.774

    28.856

    4

    23.033

    27.340

    5.051

    5

    23.006

    28.308

    2.535

    6

    23.008

    30.821

    0.452