MeRIP-PCR技術服務

  • 簡介
  • 服務特點
  • 樣本要求
  • 結果展示
  • 對差異m6A基因/轉錄本進行qPCR驗證是表觀轉錄研究必不可少的步驟。2022世界杯竞猜app下载生物提供與MeRIP-Seq相對應的MeRIP-PCR服務,保證最優的實驗流程與最佳的技術方案。


    圖一. MeRIP-PCR實驗流程圖。


  • 2022世界杯竞猜app下载丨數譜生物服務特色:

    優化的實驗流程
    特異性強的m6A抗體
    通過嚴格測試的引物

  • 樣本類型新鮮組織、細胞或total RNA
    樣 本 量:≥120μg total RNA或者能獲得相應份量的組織細胞,最低濃度不低於50ng/μl
    樣品質量:A260/A280為1.9~2.2;無基因組DNA汙染;RNA無降解;
    樣本運輸:RNA樣品使用RNAase-Free離心管保存,封口膜封口後幹冰運輸;組織細胞樣品RNAase-Free凍存管保存,幹冰或液氮運輸;

  • MeRIP-PCR既可對完整的m6A轉錄本(Intact)進行檢測,也可對該轉錄本的m6A修飾區域(m6A-deposited Fragments)進行檢測。



    圖二. MeRIP-PCR驗證ALKBH5敲除組(shALKBH5)與對照組(shCtrl)之間m6A修飾轉錄本FOXM1存在明顯差異

          (Zhang et al., 2017, Cancer Cell 31, 1–16)



    Normalize each MeRIP RNA fractions’ Ct value to the Input RNA fraction Ct value for the same qPCR Assay (ΔCt) to account for chromatin sample preparation differences. Calculate the % Input for each MeRIP fraction:

    %Input=2(Ct Input-Ct MeRIP)×Fd×100% Here, Fd is Input dilution factor.

    For example, if one- thirtieth of input mRNA and one-fifth of MeRIP mRNA were used for qPCR assays, Fd =5/30 =1/6  

       Fold Enrichment=2[ POS(CT Input-Ct MeRIP)-NEG (CT Input-Ct MeRIP) ]


    sample

    Input-IP

    Input-neg

    IP/neg

    input(Ct)

    IP(Ct)

    %

    input(Ct)

    neg(Ct)

    %

    2FVector C1

    27.515

    32.061

    0.71

    27.515

    NA

    0.01

    61.35

    2F4E C3

    27.287

    32.885

    0.34

    27.287

    NA

    0.01

    34.65

    2FVector C5

    26.652

    25.811

    29.85

    26.652

    NA

    0.01

    4669.09

    2F4E C6

    26.018

    25.145

    30.52

    26.018

    NA

    0.00

    7408.39

    2F4E C3/2FVector C1

     

    0.48

     

    0.85

     

    2F4E C6/2FVector C5

     

    1.02

     

    0.64