m6A單堿基分辨率芯片

  • 簡介
  • 單堿基分辨率
  • 數據庫
  • 結果展示
  • Arraystar m6A單堿基分辨率芯片利用RNA酶MazF對m6A敏感的特性,可在單堿基分辨率水平定位m6A位點,並對其進行定量。該芯片具有其它現存技術難以企及的優勢,是研究m6A動態變化、生物學功能以及疾病相關性的強大工具。Arraystar m6A 單堿基分辨率芯片技術擁有以下多種傳統m6A-Seq分析技術所不具備的優點:

    • 一種檢測m6A的正交實驗方法:與以m6A抗體免疫共沉澱為基礎的MeRIP或miCLIP等技術不同,芯片提供了一種不依賴於抗體的m6A係統性檢測方法。點擊了解詳情>>

    • 單堿基分辨率水平定位m6A位點:MeRIP-Seq技術的分辨率在100~200 nt左右,不能精準定位m6A,而芯片利用MazF酶,可在單堿基分辨率水平,準確檢測m6ACA位點。點擊了解詳情>>

    • 定量m6A修飾:芯片可對m6ACA位點進行定量,解決了檢測m6A動態變化這個長期未得到滿足的科研需求。點擊了解詳情>>

    • 樣本需求量少:與MeRIP-Seq需要> 120 ug RNA相比,芯片對總RNA的要求量可低至1 ug,適用於稀有樣本,珍貴病理樣本,尤其是組織部位、低產量的篩選細胞以及小的動物模型等樣本。點擊了解詳情>>

    • 可靠的位點收集與係統性注釋:Arraystar建立了特殊的收集注釋流程,對Single-ACA、Poly-ACA和Cluster-ACA上的可定量m6A位點進行了可靠收集和係統性注釋。了解這些m6A位點的功能意義,請點擊此處。

    Aksomics(原2022世界杯竞猜app下载生物)是Arraystar中國區唯一代理商,獨家為您提供Arraystar公司m6A單堿基分辨率芯片全程一站式技術服務。您隻需要提供保存完好的組織或細胞標本,Aksomics的芯片技術服務人員就可為您完成全部實驗操作,並提供完整的實驗報告。同時,根據您的研究需要,Aksomics還提供各種深入數據挖掘服務。


    Arraystar m6A單堿基分辨率芯片產品列表

    服務 芯片 規格 描述
    Human m6A 單堿基分辨率芯片服務 Arraystar Human m6A單堿基分辨率芯片 8×15K 11,237個單一m6A位點; 3,084個多聚m6A位點; 693個成簇m6A位點
    Mouse m6A單堿基分辨率芯片服務 Arraystar Mouse m6A單堿基分辨率芯片 8×15K 11,120個單一m6A位點; 3,199個多聚m6A位點; 279個成簇m6A位點
    Rat m6A單堿基分辨率芯片服務 Arraystar Rat m6A單堿基分辨率芯片 8×15K 11,499個單一m6A位點; 3,082個多聚m6A位點; 2614個成簇m6A位點


  • RNA酶MazF可識別單鏈RNA上的ACA序列,並在第一個A的5’端進行切割,而如果第一個A攜帶m6A修飾(即m6ACA),則不能發生切割[5, 10](圖1)。對經過MazF酶處理,因具有m6ACA序列而未被切割的RNA片段,以及未經MazF酶處理的Input RNA,進行雙色標記,然後與Arraystar單堿基分辨率芯片雜交,從而得到單堿基分辨率水平的m6A定量值(圖2)。該技術不依賴於半定量的m6A抗體免疫共沉澱技術,因此定量更加準確。


    MazF 酶切割未甲基化的(ACA)序列而不切割甲基化的(m6ACA)序列

    圖 1. MazF 酶切割未甲基化的(ACA)序列而不切割甲基化的(m6ACA)序列。


    Arraystar單堿基分辨率芯片實驗流程包括:


    • 總RNA片段化處理與DNase消化;

    • MazF酶處理,切割未甲基化的(ACA)序列而保留完成的甲基化(m6ACA)序列。等份的未經MazF酶處理的RNA作為Input;

    • 加入外參RNA Spike-ins,用作雜交信號校正;

    • 分別合成cRNA,Cy5(紅光)標記MazF酶處理的樣本,Cy3(綠光)標記未經MazF酶處理的樣本;

    • 將兩種熒光標記的cRNA混合,並與Arraystar單堿基分辨率芯片雜交;

    • 雙色信號通道芯片數據分析與注釋。



    Arraystar單堿基分辨率芯片實驗流程

    圖2. Arraystar單堿基分辨率芯片實驗流程。

  • Arraystar m6A 單堿基分辨率芯片 Human Mouse Rat
    芯片規格 8 x 15K 8 x 15K 8 x 15K
    探針總數 14,321 14,319 14,581
    探針長度 60nt 60nt 60nt
    單一m6ACA 位點 11,237 11,120 11,499
    多聚m6ACA 位點 3,084 3,199 3,082
    成簇m6ACA 位點 693 279 2,614
    m6ACA位點來源 miCLIP dataset (Linder et al., 2015; Ke et al., 2015; Xu et al., 2017; Chen et al., 2015); RMbase database (Schwartz et al., 2013) miCLIP dataset (Linder et al., 2015; Ke et al., 2015; Xu et al., 2017; Chen et al., 2015); RMbase database (Schwartz et al., 2013) Mouse M6ACA site homologs (Linder et al., 2015; Ke et al., 2015; Xu et al., 2017; Chen et al., 2015); RMbase database (Schwartz et al., 2013)
  • m6A單堿基分辨率芯片結果提供豐而詳細的生物信息學分析與注釋,包括單堿基m6A化學計量、m6A定位、位點類型(Single-, Multiple-, clustered m6A位點)、轉錄本區域等等。它們是理解m6A動態變化、生物學功能、分子機製和疾病相關性的必要信息,是目前其它技術所無法提供的。